From 702766622460e787b2999bbe1c7d1326205ff1db Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Andre Anjos <andre.dos.anjos@gmail.com>
Date: Wed, 2 Aug 2023 11:45:27 +0200
Subject: [PATCH] [data.tbpoc] Fix foldnames, and contents
---
pyproject.toml | 20 +-
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src/ptbench/data/tbpoc/fold_9.json.bz2 | Bin 929 -> 0 bytes
src/ptbench/data/tbpoc/fold_9.py | 2 +-
31 files changed, 4170 insertions(+), 20 deletions(-)
create mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold-0.json
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create mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold-9.json
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delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_2.json.bz2
delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_3.json.bz2
delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_4.json.bz2
delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_5.json.bz2
delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_6.json.bz2
delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_7.json.bz2
delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_8.json.bz2
delete mode 100644 src/ptbench/data/tbpoc/fold_9.json.bz2
diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml
index 915717ae..e1b3492d 100644
--- a/pyproject.toml
+++ b/pyproject.toml
@@ -194,16 +194,16 @@ montgomery-shenzhen-indian-tbx11k-v2-f8 = "ptbench.data.montgomery_shenzhen_indi
montgomery-shenzhen-indian-tbx11k-v2-f9 = "ptbench.data.montgomery_shenzhen_indian_tbx11k.v2_fold_9"
# tbpoc dataset (only cross-validation folds)
-tbpoc_f0 = "ptbench.data.tbpoc.fold_0"
-tbpoc_f1 = "ptbench.data.tbpoc.fold_1"
-tbpoc_f2 = "ptbench.data.tbpoc.fold_2"
-tbpoc_f3 = "ptbench.data.tbpoc.fold_3"
-tbpoc_f4 = "ptbench.data.tbpoc.fold_4"
-tbpoc_f5 = "ptbench.data.tbpoc.fold_5"
-tbpoc_f6 = "ptbench.data.tbpoc.fold_6"
-tbpoc_f7 = "ptbench.data.tbpoc.fold_7"
-tbpoc_f8 = "ptbench.data.tbpoc.fold_8"
-tbpoc_f9 = "ptbench.data.tbpoc.fold_9"
+tbpoc-f0 = "ptbench.data.tbpoc.fold_0"
+tbpoc-f1 = "ptbench.data.tbpoc.fold_1"
+tbpoc-f2 = "ptbench.data.tbpoc.fold_2"
+tbpoc-f3 = "ptbench.data.tbpoc.fold_3"
+tbpoc-f4 = "ptbench.data.tbpoc.fold_4"
+tbpoc-f5 = "ptbench.data.tbpoc.fold_5"
+tbpoc-f6 = "ptbench.data.tbpoc.fold_6"
+tbpoc-f7 = "ptbench.data.tbpoc.fold_7"
+tbpoc-f8 = "ptbench.data.tbpoc.fold_8"
+tbpoc-f9 = "ptbench.data.tbpoc.fold_9"
# hivtb dataset (only cross-validation folds)
hivtb_f0 = "ptbench.data.hivtb.fold_0"
diff --git a/src/ptbench/data/tbpoc/fold-0.json b/src/ptbench/data/tbpoc/fold-0.json
new file mode 100644
index 00000000..e3ddab0a
--- /dev/null
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold-0.json
@@ -0,0 +1,415 @@
+{
+ "train": [
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+ ["TBPOC_CXR/TBPOC-203.jpeg", 1],
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+ ["TBPOC_CXR/TBPOC-425.jpeg", 1],
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--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_1.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_1.py
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)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_1")
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(
self.train_dataset,
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--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_2.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_2.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_2")
+ self.dataset = _maker("fold-2")
(
self.train_dataset,
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diff --git a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_3.json.bz2 b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_3.json.bz2
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--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_3.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_3.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_3")
+ self.dataset = _maker("fold-3")
(
self.train_dataset,
self.validation_dataset,
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deleted file mode 100644
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index da21a882..119adfa9 100644
--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_4.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_4.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_4")
+ self.dataset = _maker("fold-4")
(
self.train_dataset,
self.validation_dataset,
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deleted file mode 100644
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GIT binary patch
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index 323996c7..2a90cbdb 100644
--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_5.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_5.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_5")
+ self.dataset = _maker("fold-5")
(
self.train_dataset,
self.validation_dataset,
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deleted file mode 100644
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GIT binary patch
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index 7be3befa..42ed763d 100644
--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_6.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_6.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
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- self.dataset = _maker("fold_6")
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self.train_dataset,
self.validation_dataset,
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deleted file mode 100644
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index 9c84b929..ad7dbe14 100644
--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_7.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_7.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_7")
+ self.dataset = _maker("fold-7")
(
self.train_dataset,
self.validation_dataset,
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index c647f6f6..4bcea788 100644
--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_8.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_8.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_8")
+ self.dataset = _maker("fold-8")
(
self.train_dataset,
self.validation_dataset,
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GIT binary patch
literal 0
HcmV?d00001
literal 929
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Dt?8Jp
diff --git a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_9.py b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_9.py
index aad4c14e..c33eb6bd 100644
--- a/src/ptbench/data/tbpoc/fold_9.py
+++ b/src/ptbench/data/tbpoc/fold_9.py
@@ -33,7 +33,7 @@ class Fold0Module(BaseDataModule):
)
def setup(self, stage: str):
- self.dataset = _maker("fold_9")
+ self.dataset = _maker("fold-9")
(
self.train_dataset,
self.validation_dataset,
--
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